No existen corrientes de agua debido a la permeabilidad del suelo (la cual origina cenotes y corrientes subterráneas). Encontramos el río Hondo al sur de la entidad que además es frontera natural con Belice que básicamente está conformado por una grieta profunda que junta dos planos inclinados y por donde circula el agua.
Otro cuerpo de agua importante es el río Azul posee 136 km de corriente navegable y lo encontramos también como frontera natural al sur de la entidad que limita a Guatemala y Belice de Quintana Roo; surge en Guatemala gracias a los Montes Mayas, desembocando en la Bahía de Chetumal muy cerca de la capital del estado, donde forma un canal de 2,5 m de profundidad, que utilizan las embarcaciones a su paso por Belice. En épocas de lluvias aumenta su extensión navegable aprovechándola para el transporte de madera.
El río Azul está ubicado en el suroeste de Chetumal. Otros ríos importantes son: el Jass, al norte de Calderitas; el Turbio, al este de Chiquilá y al sur de la isla de Holbox; el Indio, al sur de la Bahía del Espíritu Santo, y el Kik, al noreste de Calderitas.
Hay también lagunas, así como innumerables corrientes subterráneas, que afloran y tienen alto rendimiento. En ocasiones afloran naturalmente a la superficie y reciben el nombre deaguadas, y tienen usos agrícolas y ganaderos. Otras veces se presentan como capas de roca que las cubreny muestran presentaciones de pozos abiertos o encuevados que se llaman simplemente cenotes. Existen por último algunos arroyos, afluentes del Río Hondo o que desembocan en la Laguna de Bacalar, cerca de Chetumal.
RIOS PRINCIPALES DEL ESTADO DE QUINTANA ROO
Rio Hondo, al Sur de Quintana Roo
Rio Azul, al Suroeste de Chetumal
Rio Jass, al Norte de Calderitas
Rio Kik, al Este de Chiquilá y sur de la isla de Holbox
Rio Turbio, al Sur de la bahía Espíritu Santo
Rio Indio, al Noroeste de la bahía Espíritu Santo
